熒光顯微成像系統使用的光源能夠發出強烈的紫外線，經過激發濾色鏡，過濾掉一部分光源當中的可見光。接著通過聚光鏡將紫外光聚焦于樣品，誘發樣品上的熒光物質發射熒光。最后經過物鏡后的阻斷濾色鏡，阻止所有的紫外線通過，只允許通過誘發的熒光通過。
熒光顯微成像系統的優點：
1.無需暗室，節省空間：在明亮的房間里也能實現鮮明的熒光觀察。可以安裝在實驗室的任意位置。
2.清晰圖像，高清畫質：彩色/黑白切換式高靈敏度冷卻相機、高性能物鏡、能夠在熒光下使用的高精度自動對焦，利用這些先進的硬件和光學技術呈現高清畫質。
3.高拓展性，適應性強：超越一般熒光顯微鏡的范疇，可滿足共聚焦顯微鏡、切片掃描儀、活細胞工作站、高內涵等需求。
熒光顯微成像系統的結構及功能：
1.光源：超高壓汞燈，可以產生強光照，含有大量的紫外光和藍紫光。
2.濾片系統。熒光顯微鏡也有鹵素燈提供自然光源，具有和普通光學顯微鏡相同的功能。
3.激發濾色鏡：過濾光源中一部分可見，提供一定波長的激發光。
4.阻斷濾色鏡：透過相應波長范圍的熒光，阻斷或者吸收剩余的激發光。
5.二向分色鏡：透過長波光線和反射短波光線的功能
6.孔徑光闌：孔徑光闌是決定顯微鏡像的分辨力和反差的重要光學部件之一
7.視場光闌：視場光闌的作用是控制標本照明區域的大小，阻止對于像的形成所不需要的光線進入標本。
8.激發光轉換器：又稱鏡臂旋轉臺，旋轉臺為一個圓盤形的結構，上面有5個定位標志：U、V、B、G分別代表不同的熒光激發方法以及不同的濾色鏡組合。
